Kategorie zagrożenia zastosowane w Czerwonej Księdze są spójne z ustalonymi przez IUCN (Światową Unię Ochrony Przyrody) i są to odpowiednio:
Dwie kategorie taksonów wymarłych:
· EX - całkowicie wymarłe (extinct) - taksony, których występowanie w Polsce, mimo ponownych poszukiwań, nie zostało potwierdzone na stanowiskach gdzie je zbierano, ani na innych, podobnych miejscach
· EW - wymarłe w warunkach naturalnych (extinct in the wild) - taksony, których występowanie w Polsce, mimo ponownych poszukiwań, nie zostało potwierdzone na stanowiskach gdzie je zbierano, ani na innych, podobnych miejscach ale są uprawiane w ogrodach botanicznych lub na siedliskach zastępczych
Trzy kategorie taksonów wysokiego ryzyka (zagrożonych wyginięciem):
· CR - krytycznie zagrożone (critically endangered) - taksony zagrożone wymarciem, których przeżycie jest mało prawdopodobne, jeśli nadal będą działać czynniki zagrożenia
· EN - zagrożone (endangered) - taksony, które zapewne przesuną się w najbliższej przyszłości do kategorii wymierających, jeśli będą nadal działać czynniki zagrożenia
· VU - narażone (vulnerable) - taksony, które mogą przesuną się w najbliższej przyszłości do kategorii wymierających, ale ryzyko jest niższe niż w przypadku wyższych kategorii zagrożenia
Najniższe kategoria zagrożenia to:
· NT - bliskie zagrożenia (near threatened) - o zagrożeniu nieco poniżej kategorii VU
· LC - najmniejszej troski (least concern)
Jest jeszcze kategoria "worek":
· DD - niewystarczające dane (data deficient) - obejmuje taksony dla których, z braku wystarczających danych, na razie trudno jest przypisać dokładny stopień zagrożenia wyginięciem [jest jeszcze kategoria NE - nie ocenione (not evaluated), stosowana dla przypadków, gdy nie oszacowano jeszcze stopnia zagrożenia wg metdotyki i kryteriów IUCN; w Czerwonej Księdzie nie ma taksonów z tym statusem].
Przypisane kategorie dotyczą sytuacji na terenie Polski. Dany takson niekoniecznie musi być zagrożony w całym swoim światowym zasięgu.